核磁共振(MR)检查是多方位、多参数成像检查，软组织对比好，没有电离辐射的危害，应用范围越来越广。主要应用于：
1.神经系统病变。脑梗塞、脑肿瘤、炎症、脑白质变性性病变、先天畸形、外伤等，为应用最早的人体系统，目前积累了丰富的经验，对病变的定位、定性诊断较为准确、及时，可发现早期病变。
2.脊柱与脊髓。不需要造影剂就能清晰区分脊髓、硬膜囊和硬膜外脂肪。对椎管内肿瘤、脊髓空洞症、脱髓鞘病变、脊髓损伤、椎间盘膨出、突出等均有较高诊断价值。
3.心血管系统。可用于心脏病、心肌病、心包肿瘤、心包积液以及附壁血栓、内膜片的剥离等的诊断。
4.胸部病变。对肺的检查不如常规X射线和CT检查，对纵隔病变则优于CT，不用造影剂即可分辨纵隔血管和肿物。
5.腹部器官。主要用于肝、胆、胰、脾、肾等实质脏器的检查。如肝癌、肝血管瘤及肝囊肿的诊断与鉴别诊断，腹内肿块的诊断与鉴别诊断，尤其是腹膜后的病变。
6.盆腔脏器。子宫肌瘤、宫颈癌、子宫其它肿瘤、卵巢肿瘤，盆腔内包块的定性定位，直肠、前列腺和膀胱的肿物等。
7.骨关节病变。骨内感染、肿瘤、外伤的诊断与病变范围，尤其对一些细微的改变如骨挫伤等有较大价值，关节内软骨、韧带、半月板、滑膜、滑液囊等病变及骨髓病变有较高诊断价值。
8.全身软组织病变。无论来源于神经、血管、淋巴管、肌肉、结缔组织的肿瘤、感染、变性病变等，皆可做出较为准确的定位、定性的诊断。
9.眼、鼻、口腔、喉部病变。包括先天性病变，占位性病变，炎症，外伤和颞颌关节病变等。
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